O papel de mutações não herdadas dos ancestrais (mutações de novo) no processo evolutivo já é reconhecido pelos cientistas. No entanto existe um outro tipo de alteração no genoma que vem ganhando importância como agente participante da evolução das espécies: a variação críptica.

Variações crípticas são caracterizadas como alterações neutras no genoma: que se acumulam com o passar do tempo, sem induzir alterações nas características observáveis do indivíduo.

Rohner e colaboradores, defensores do papel destas variações na evolução, publicaram um importante trabalho na revista Science (Ronher N, Jarosz DF, Kowalko JE, et al. Cryptic Variation in Morphological Evolution: HSP90 as a Capacitor for Loss of Eyes in Cavefish. Science. 2013; 342: 1372-1375) sobre o caso do peixe-cego (Astyanax mexicanus). Este é um peixe encontrado de duas maneiras na natureza: com olhos (habitante de águas de superfície) e sem olhos total ou parcialmente (habitante de cavernas subaquáticas).

Os pesquisadores notaram que a proteína de choque térmico 90 (HSP90) participa, no animal, de um processo de se mascarar variações no tamanho dos olhos: impedindo que o efeito das variações crípticas acumuladas seja notado.

Assim sendo, concluíram que as variações crípticas são neutras apenas em situação normal de existência da espécie. Mas, em situações estressantes, estas variações podem ser desmascaradas e contribuir de fato para modificações fenotípicas. Ou seja, estas variações podem oferecer substrato para ação natural de seleção dos organismos mais aptos à sobrevivência numa nova condição ambiental apresentada.