A microbiologia é definida como a biologia dos organismos microscópicos que relaciona os organismos “invisíveis a olho nu”, pelo seu tamanho, com as principais doenças infecciosas do homem e de seus animais domésticos, estudando os eucariontes unicelulares e procariontes, como as bactérias, fungos e vírus.
Os microorganismos são encontrados em todos os ambientes, incluindo solo, água, ar e participam de todas as funções vitais. Embora não possam existir dúvidas de que bactérias e vírus sejam os patógenos mais numerosos e importantes, o estudo da microbiologia também está ligado à micologia e parasitologia.
A relação entre o hospedeiro e o microrganismo pode se estabelecer de diversas maneiras. Esta associação ou simbiose (viver juntos) pode ter uma conotação de benefício ou prejuízo para o hospedeiro. Tentando categorizar especificamente estas associações os pesquisadores conseguiram por conveniência identificar três categorias, que foram nomeadas como: comensalismo (uma espécie utiliza a outra como seu ambiente físico; microbiota), mutualismo (as duas espécies se beneficiam; p.ex bactérias entéricas de ruminantes) e parasitismo (apenas uma espécie se beneficia trazendo prejuízo ao hospedeiro; p.ex vírus da raiva).
O primeiro passo para o conhecimento dos microorganismos é o mesmo que se deve seguir para conhecer uma pessoa; é necessário saber seu nome. No estudo do mundo dos microorganismos como agentes de doenças no homem, é primeiramente importante assimilar como as bactérias e outros microorganismos são denominados. Isto é a ciência da taxonomia.
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