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sexta-feira, 1 de março de 2013 - 09:51

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Redundância nos Bancos de Dados

por: Colunista Portal - Educação

A fim de fornecer informações confiáveis aos pesquisadores
A fim de fornecer informações confiáveis aos pesquisadores
A redundância das informações em bancos de dados serve como controles de qualidade dos mesmos. Algumas vezes, pesquisadores de laboratórios competidores publicam sequências do mesmo gene, porém que diferem em alguns pares de bases. A questão nesse caso é se estamos diante de um mutante verdadeiro ou apenas um erro de sequenciamento? De forma geral, se o gene foi mapeado no mesmo organismo, com as mesmas vias gênicas, é provável que erros usuais técnicos expliquem as diferenças encontradas. Dessa forma, percebemos que a redundância não apenas provém do fato de que diferentes pesquisadores estão interessados na mesma proteína e gene, mas também do fato de que diferentes técnicas de clonagem e sequenciamento randômico do genoma criam fragmentos com poucas anotações biológicas relevantes. A fim de fornecer um banco de dados consistente e sem redundância, o RefSeq do NCBI contém um conjunto não redundante de sequências do Genbank incluindo sequências de DNA genômico, RNAm, e proteínas de genes conhecidos, RNAm e proteínas de modelos genéticos, e cromossomos.

Diante de tudo, percebemos que com a lista crescente de genes estocados e anotados de vários organismos nos bancos de dados, é fundamental que haja interatividade entre os mesmo, a fim de fornecer informações confiáveis aos pesquisadores. No NCBI, por exemplo, foi implantada uma visão orientada do gene de interesse, que permite ao pesquisador fazer uma busca em vários bancos de dados, a não apenas no NCBI, sobre as informações relacionadas aos genes de interesse. O Entrez do NCBI funciona como um integrador, que permite a busca por meio de textos nos mais variados ambientes dessa plataforma, tais como na literatura (pubmed), nas sequências de nucleotídeos e proteínas, na estrutura proteica, genoma, taxonomia, e bancos de dados de expressão.

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