Possuem uma grande variedade de hidrolases ácidas, capazes de degradar quase todos os conteúdos celulares. Estas hidrolases têm um pH óptimo entre 3 e 6, e portanto o interior dos lissomos é ácido. A acidificação é realizada por Bombas de H
+, que usam ATP. As suas enzimas são glicoproteínas provenientes do Golgi, que saem da sua face trans em vesículas específicas. A compartimentação destas enzimas impede a lise indiscriminada dos conteúdos celulares.
Os lisossomos podem ser secundários ou primários, consoante contêm ou não produtos de degradação. Possuem um halo sem conteúdo visível ao microscópio electrónico entre a membrana e o seu interior. Este halo poderá ser devido à presença de oligossacarídeos que poderão proteger a membrana lisossomal de auto-degradação.
Os lisosomos estão envolvidos em processos de autofagia e heterofagia. A formação dos autolisossomas inicia-se quando uma porção de RE envolve um organelo que deve ser destruído, formando uma vesícula em seu redor. Esta vesícula é posteriormente acidificada e funde-se depois com um sisossoma primário, que inicia a degradação. Na heterofagia, os lisossomas fundem-se com endossomas (provenientes da endocitose) ou fagossomas (provenientes da fagocitose).
Algumas células são capazes de exocitar lisossomos para destruir componentes extracelulares, p. ex. na formação de tecido ósseo, em que é necessário eliminar primeiro as células ósseas antigas.
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